Nell'antica Roma imperiale, la Cloaca massima veniva scaricata nelle paludi Pontine al fine di sfruttare il potere depurante dell'ecosistema e delle piante sui reflui urbani.
La fitodepurazione appare come una nuova funzione tecnologica del verde moderno ma l'azione depurante dei sistemi lacustri era conosciuta già nei tempi antichi. L'etimologia della parola “fitodepurazione” (fito = phyto = pianta) potrebbe far intendere che siano le piante a svolgere i compiti principali del processo depurativo, in realtà le piante hanno un ruolo fondamentale nel creare un habitat idoneo alla crescita della flora batterica che è la vera componente principale della depurazione biologica delle acque.
In un sistema fitodepurativo il medium rappresenta il substrato su cui radicano le piante e proliferano le pellicole di biofilms batteriche che innescano le trasformazioni biologiche e chimiche di base. Il substrato drenante o medium di crescita deve essere realizzato in base alle caratteristiche di porosità e conducibilità idraulica del materiale utilizzato perché questi valori vanno ad influire sul tempo di residenza dei liquami nel sistema depurativo.
Al tal fine è preferibile utilizzare substrati quali ghiaia non frantumata e sabbia lavata o altri materiali equivalenti. Gli impianti di fitodepurazione di grosse portate necessitano sempre di pretrattamenti per i liquami al fine di rimuovere le sostanze pericolose e le parti più grossolane presenti in essi per evitare intasamenti dei letti filtranti. Questi pretrattamenti migliorano l'efficienza depurativa dell'impianto e ne allunga la vita media.
